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Projet conçu par l’Université de Wageningen, PROTA a démarré le 1er janvier 2000 grâce à une subvention de 1,5 million € de la Commission européenne, complétée par des contributions de Wageningen University et des ministères néerlandais de l’Agriculture et de la Coopération pour le Développement, le tout se montant à 0,6 million €.

Les objectifs de la phase préparatoire étaient d’étudier la viabilité de cette entreprise par l’identification des partenaires, la préparation d’une liste et une subdivision préliminaire des plantes utiles d’Afrique tropicale, la réalisation d’un prototype du système d’information PROTA, et l’obtention d’un consensus international sur la configuration du programme. Officiellement, la phase préparatoire de PROTA s’est terminée le 30 septembre 2003.

On a estimé qu’une période de mise en œuvre d’environ 10 ans serait nécessaire pour achever la mission de base de PROTA, soit la création d’un système d’information sur les quelque 7 000 plantes utiles de l’Afrique tropicale.

La première phase opérationnelle 2003–2008 prévoit la description de 3 500 espèces de 8 groupes d’usage.
En 2004, première année de la mise en œuvre, un groupe d’usage a été complété. Suivant, en 2005, 2006 et 2007 trois groupes d’usages ont été complété et les travaux sur deux autres ont nettement avancé.

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